Вы на диагностику отгоняли авто? Без этого современный мотор не починить. Возможно проблема в самом блоке ЭБУ, в каком то датчике, гдето проводка перетерта. С такими проблемами наверняка в памяти запишутся ошибки, по ним и нужно "копать".
Москва, Ford Focus ST