Возможно изношено сцепление или выжимной подшипник. Есть еще вариант что панель не прикручена - проверьте. Также возможно уже изношены опоры МКПП. Для их проверки, нужно приподнимать двигатель, за места где установлены опоры и смотреть - не ушла ли вибрация.
Масло в коробке стоит менять не реже 60 000км.
Москва, Ford Focus ST