Здравствуйте. Вода может попадать через прокладку антенны на крыше и течет по кабелю вниз и скапливается в нише багажника. Еще проверьте места "стыковки" крыши и кузова в рамке задней двери. Иногда холодный "зимний/весенний" воздух в не вентилируемом месте под пластмассовой обшивкой прогревается от горячего глушителя/выхлопной трубы, и образовавшийся при этом конденсат стекает в багажник. Такая конструкция авто. Некоторые делают дополнительный дренаж для слива.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108