Здравствуйте, такое бывает, когда кулиса КПП разбалтывается, Вы пробовали ее подрегулировать? В МКПП еще есть деталь, как направляющая кулисы, возможно у Вас она изношена или неисправна. А может Вы не совсем правильно с непривычки переключаете передачи, если у Вас это бывает частенько. Такое бывает при езде на новой машине, если до этого была другая.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108