Шум, пропадающий при выжиме сцепления, исходит, скорее всего, из коробки, так как при выжиме сцепления валы коробки останавливаются, а маховик то продолжает вращаться. В КПП шумят, обычно, подшипники, но ревизию стоит производить с вниманием ко всем деталям, иначе придётся разбирать КПП повторно.