Добрый день!
Автомобиль еще на гарантии?
Если так, то целесообразнее обратиться к дилеру с данной проблемой, и пусть уже он ищет метод устранения этой проблемы.
Стучать могут как и привод заслонки отопителя, так и детали крепления, плохо закрепленный разъем, сама торпедо.
Все нужно разбирать, прослушивать и осматривать.
Если самостоятельно искать причину, тогда прижимайте панель в районе лобового стекла руками, и слушайте откуда идет этот шум.
Если найдете место скрипа, подложите между торпедо и лобовым стеклом кусок резины(ластик, и т.д.)
Херсон, Skoda Octavia