Здравствуйте. Если при нажатии на педаль сцепления стук пропадает, тогда дело в коробке передач, первичный вал, подшипники и т.д. нужно все слушать на автомобиле.
Также, если при этом звук пропадает при нажатии на рычаг переключения - тогда дело точно в коробке, или приводах ее управления.
Херсон, Skoda Octavia