Здравствуйте.
Нумерация цилиндров идет от крышки ГРМ к маховику.
На самих поршнях есть следующие обозначения, смотрите картинки:
1 — стрелка, указывающая направление вращения коленчатого вала 
2 — учетный номер завода-изготовителя 
3 — дата выпуска 
4 — товарный знак завода-изготовителя 
5 — диаметр поршня (обозначается литерами А, В или С) 
На нижних головках шатуна и крышках шатунных подшипников есть нумерация, т.к. крышки невзаимозаменяемые. При заводской сборке эта нумерация обычно соответствует нумерации цилиндров.
Если при разборке Вы обнаружили несоответствие, скорее всего поршни уже вынимались или менялись и при сборке была нарушена нумерация. 
                                    
                                                    Москва,                                                                            Audi                            A5