Здравствуйте. Проблема может быть в неисправности блока комфорта, либо в его проводке, судя по тому, что проблема то есть, то нет, стоит проверить контакты, питание и "массу" на блок комфорта и провода в гофре от стойки к двери. Еще нужно пройти диагностику, считать ошибки, т.к. сбой может давать сам ЭБУ.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108