Если Вы после изъятия большого количества воды из багажника, как вы писали около 5 литров воды, тогда не просохли все декоративные части кузова(коврики, обшивка), и вода могла стечь с них.
Также, если на сервисе грамотно промазали герметиком вентиляционные решетки, вода не должна была попадать в багажник.
Также, осмотрите крышку багажника, нередко вода поступает в багажник именно с уплотнения между кузовом и крышкой, дренажными отверстиями крышки.
Сейчас просушите авто, в теплом боксе, фен, тепловая дуйка - все что может создать долговременную плюсовую температуру в салоне, поднимите ковры, сидения и тщательно все высушите.
После, не устанавливая сидения и декор на место, проливайте водой кузов и ищите воду в салоне.
Херсон, Skoda Octavia