Здравствуйте. Под описанные Вами причины, припадают очень много факторов, которые могут влиять на работу коробки.
Как ведет себя КПП, при нажатии педали сцепления, нет никаких посторонних ударов, вибрации?
В первую очередь, проверьте наличие и состояние масла в коробке.
Далее попробуйте при разном усилии на педаль сцепления "поиграться" с коробкой. Если при этом найдете положение когда коробка включается нормально, тогда дело в сцеплении.
Потом нужен осмотр тросов выбора и переключения передач, их свободного хода в кожухах, проверка флажков механизма переключения передач.
Для диагностики лучше обратиться на станцию технического обслуживания.
Херсон, Skoda Octavia