Добрый вечер!
Вода может попадать в багажник через трещины в уплотнительной резиновой ленте крышки задка, и через плохую герметизацию вентиляционного лючка в кузове(под задним бампером).
Иногда, влагу и грязь может забрасывать через отверстия в кузове под амортизатор.
Осмотрите эти элементы.
Херсон, Skoda Octavia