Добрый день!
В Вашем моторе действительно предусмотрена процедура регулировки клапанов при пробеге в 100 000. 
Регулировка осуществляется путем подбора толкателей требуемого размера. 
Если горит "чек" двигателя, то ошибка уже зафиксирована, и должна быть в памяти. 
Другое дело, если это пропуск зажигания, то система может не зафиксировать на каком цилиндре, но дать индикацию. 
Свечи давно меняли, чистка дросселя, топливной системы производилась?
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia