Естественно, если во время стоянки на автомобиле работает охранная система, она будет разряжать аккумулятор. Особенно, если ей приходится срабатывать, включать сирену. Главное, чтобы потом, в процессе движения генератор заряжал аккумулятор. То, что вы описываете, на мой взгляд, нормальная, штатная ситуация. С пуском двигателя проблем нет?
Одесса, Mercedes-Benz E-Class