Вы можете оплатить штраф также как и если бы получили его вовремя - по тем же реквизитам (если вы получили квитанцию) или через портал госуслуг (по номеру постановления или госномеру авто).
К сожалению, то что вы поздно узнали о штрафе - по текущему законодательству ничего не меняет.
Москва, Audi A5