Здравствуйте, причина может быть в том, что вода попадает в систему зажигания (в трамблер пробита крышка) или в патрубок забора воздуха, проверьте состояние фильтра. Не стоит ездить по глубоким лужам, может и гидроудар случиться, тогда придется менять двигатель.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108