Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если этот возникает только при самом переключении передачи, то скорее всего дело именно к коробке. 
Если бы была проблема в приводных валах, то были бы слышны удары или хруст при наборе скорости. 
Масло в коробке как давно менялось? Если более 50-60 тысяч автомобиль на нем прошел, тогда лучше сменить. 
После уже смотреть по результату, проверить состояние старого масла, нет ли в нем стружки.
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia