Если сканер не видит автомобиль, вариантов несколько, это или несоответствие самого сканера, его программного обеспечения, или обрыв проводки от диагностического разъема, до ЭБУ, выход из строя самого ЭБУ.
Попробуйте обратиться к официалам, если и они не смогут ничего прочитать, тогда только к квалифицированному электрику.
То что горит разная индикация, и трещит коробка, говорит о некой неисправности - о какой именно, Вы не узнаете пока не подключите сканер.
Херсон, Skoda Octavia