Здравствуйте. Если система прокачана верно(удален из нее воздух) при замене главного тормозного цилиндра, тогда остается только регулятор тормозного усилия(колдун в народе).
Находится он сзади, на задней балке с левой стороны.
Осмотрите его крепление, пружину, и очистите от грязи если он загрязнен.
Также, проведите регулировку на ровном участке трассы, с ровным покрытием и рабочим фрикционным покрытием.
Со скорости 25-50 км в час проведите экстренное торможение на нейтралке.
Ниже на фото под вариантом А правильная работа системы тормозов. (вычисляется по тормозному следу от колес)
Херсон, Skoda Octavia