Здравствуйте.
Вероятнее всего причина в неисправности самой коробки передач.
Для начала стоит проверить уровень и состояние масла в КПП. Если уровень масла находится на нормальном уровне, то коробку передач почти наверняка придется снимать, при этом за одно стоит проверить состояние сцепления (если на Вашем автомобиле установлена МКПП или роботизированная коробка передач). Если сцепление в порядке то вероятнее всего КПП придется разбирать (или как максимум менять).
Также для начала стоит провести компьютерную диагностику- возможно поможет перепрошивка блока управления (если на Вашем автомобиле установлена РКПП).
Россия, Subaru Legacy