Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Вариантов может быть масса, и перебирать их вкруг по такому описанию довольно сложно.
Пробовали проводить адаптацию коробки, сброс адаптации(в зависимости от типа установленной коробки?).
Начните с нее, проверьте состояние масла, нет ли в нем стружки.
Сменить масло не помешает никогда, но после замены в идеале проводить адаптацию, и далее уже по результату, проверять рабочие характеристики, ту же температуру, давление масла, соответствует все ли действительности и тд.
Херсон, Skoda Octavia