Здравствуйте, просто заглушить EGR нет смысла, его нужно глушить и удалять программно из блока управления двигателем. Но конечно лучше его заменить если проблема в самом EGR. То что коробка не переключает передачи и становится в аварийный режим, это неисправность самой коробки, вам нужно ехать на сервис подключать компьютерную диагностику и смотреть что происходит в коробке. Причём сервис вам нужно выбрать только тот в котором разбираются в коробках АКПП, это очень сложный механизм и кто либо не поймёт там ничего, даже при наличии оборудования. По двигателю тоже, нужно подключать и смотреть, на все параметры, прыгающие обороты могут давать как неработающие элементы двигателя так и коробки.
Сумы, Peugeot 605