Добрый день, уважаемый автовладелец!
Скорее всего есть проблемы по механизму переключения передач, вилкам, штока переключения передач.
Начните с проверки привода переключения (тяги, тросы в зависимости от исполнения), механизма переключения в самой ручке.
Далее, уже снимать и дефектовать коробку.
Херсон, Skoda Octavia