Виновато в описанном эффекте именно сцепление- что-то не даёт ведомому диску остановиться, даже не взирая на старания синхронизатора. Так бывает, если, к примеру, рабочий цилиндр недожимает корзину, отчего ведущий диск не отходит достаточно от маховика или виноваты в этом другие части привода сцепления, но более вероятно, что есть небольшой перекос корзины, и ведущий диск в общем отходит достаточно, но какой-то частью касается ведомого диска, особенно если он плохо перемещается по шлицам первичного вала. На момент срабатывания сцепления по ходу педали это не влияет, а в нагретом состоянии синхронизаторы легче выдавливают масло и тормозят первичный вал, потому и включение передач намного легче. Возможно, кстати, что замена синхронизаторов очень поможет в такой ситуации, а не только замена комплекта сцепления.