Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Если ступицы исключаем, тогда остается только задний мост.
Проверяйте его с помощью того же стетоскопа, он же фонендоскоп, на разных режимах движения, то есть скоростях, подключенной задней оси, и с отключенной.
Смотрите опоры моста, состояние масла в нем, работу муфты блокировки.
Проблема то в любом случае есть. Как вариант, проверить кардан, так как при износе крестовин будет аналогичный шум и вибрация.
Херсон, Skoda Octavia