Здравствуйте.
Вы проверьте какая есть утечка тока при простое, она может быть повышенная, от этого и аккумулятор может разряжаться. Хороший аккумулятор не будет так садиться при допустимой утечке.
Отключать аккумулятор можно, сбросится радио, значения бортового компьютера (время, средний пробег и прочее), ничего страшного не должно произойти. Если обороты двигателя будут не в норме, то через некоторый пробег дроссельная заслонка должна обучиться.
Балаково, Kia Ceed