Здравствуйте, быть может установленная АКПП не подходит для Вашего авто, либо нужно перепрошить блок управления коробкой ("мозги") под Ваши двигатель, для этого потребуется сама прошивка и дилерский прибор, лучше для этого обратиться в специализированный сервис, у них же пройти диагностику, т.к. причина может быть и не в коробке.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108