А на заглушенном двигателе скорости включаются? Может проблема не в коробке, а в сцеплении? Тогда на заглушенном моторе передачи будут включаться. Очень странно, что этот вопрос возникает после проведения столь сложного и требующего высокой квалификации ремонта. Тот, кто может перебрать кпп с такими вопросами обычно не затрудняется, а сам определяет абсолютно точно, почему скорости не включаются. Да и установку агрегата принято производить только после проверки всех передач их включением и вращением валов.