Почему форсунки могут работать не в такт? Сигналы на управления форсунками дает блок управления, и соответственно пофазно форсунки распыляют топливо в зависимости от требуемого алгоритма.
Если ошибок нет, датчик положения коленвала, распредвала работает, то такое маловероятно. Если только блок управления не вышел из строя.
Снимайте форсунки, проверяйте их.
Можно предварительно поменять местами, если проблема уйдет на другой цилиндр - вопрос решен.
Херсон, Skoda Octavia