Здравствуйте.
Передача два, это передачи будут включаться не выше второй. Не понятен вопрос, на D работает только третья передача? Если так, то этом может быть аварийный режим акпп. Проведите диагностику сканером, считайте ошибки и проведите по ним проверки. Раз многое заменили, то проблема может быть в проводке от ЭБУ акпп до акпп.
Балаково, Kia Ceed