Добрый день, уважаемый автовладелец!
Причин может быть масса, начиная с разбитых подушек мотора и КПП, вытягивания тросов выбора передач, или износа синхронизаторов и вилок включения 5 передачи.
Проверяйте подушки, тросы. Если с ними все в норме, нет разбитых втулок, и тяг, тогда коробку под разборку и дефектовку.
Херсон, Skoda Octavia