Здравствуйте, я Вам рекомендую пройти диагностику профессиональным сканером у дилера, если конечно есть разъем ОБД-2. Причин много, от самой АКПП, до ЭБУ. Нужно проверить уровень и состояние масла, разъемы датчиков, блока управления. Есть вероятность, что неисправности внутри самой коробки, это соленоиды, гидроблок, изношены фрикционы, забиты масляные каналы, все это можно выяснить после снятия АКПП, полной разборки и проведения дефектовки. Попробуйте поменять масло, если оно черное и с запахом гари.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108