Добрый вечер, Михаил, судя по описанию, проблема кроется в низком качестве топлива, которым Вы заправлялись. Вам бы в первую очередь нужно сменить АЗС, дизельные движки очень чувствительны к качеству солярки. И получается возможно, что у Вас загрязнена топливная системы, о чем говорит то факт, что после замены фильтра проблема отступала, кроме топливного желательно еще проверить и воздушный на наличие загрязнений, потом замерить давление в топливной магистрали, чтобы проверить работу регулятора давления. Далее диагностическим оборудованием оценить работоспособность ТНВД и форсунок, а также почитать коды ошибок.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108