Добрый день, Станислав. Неисправность ЭБУ может появляться и через некоторое время после запуска автомобиля. И как выяснили, что нет искры именно на 1-ом и 4-ом? Диагностика проводилась? Коды ошибок есть? Помимо системы зажигания, пропуски могут давать топливные форсунки например, или механическая неисправность двигателя. В вашем случае стоит все же начать с подключения прибора и опроса кодов. Нужны параметры работы двигателя именно в момент проявления неисправности. Т.е. что конкретно происходит с двигателем, когда не работают два цилиндра. Исходя из имеющихся данных дальше уже продолжать диагностику.
Если по системе зажигания все в норме, то проверять топливную систему, форсунки в частности, и померить компрессию в двигателе.
Mazda 3