Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
При выжатой педали тормоза, и переключении передач, никакого шума или толчка быть не должно.
В таком случае, нужна диагностика вариатора, и проверка по месту, что именно стучит, может даже переключение на яме, и прослушивание шума под днищем.
Херсон, Skoda Octavia