Добрый день, уважаемый автовладелец!
Просто так, переставить мотор без последующих калибровок, и настройки его под новый автомобиль не всегда верное решение.
Блок управления двигателя (ЭБУ) какой установили?
В любом случае, сейчас нужно начинать проверки с подключения сканера, проверки связи с блоками управления, их корректную работу.
Возможно, потребуются перепрошивки.
Плюс ко всему, не факт что установленный мотор надлежащего качества, то есть не имел проблем до установки по механической части.
Херсон, Skoda Octavia