Добрый день, уважаемый автовладелец!
Как давно Вы эксплуатировали авто с пустым баком?
Ранее таких негативных последствий не было?
Скорее всего, в баке скопились остатки влаги, то есть конденсат, и его затянуло в систему, фильтр, что теперь не дает нормально работать мотору. Проверьте топливный фильтр, его состояние.
Также, Вы не указали тип мотора, и используемого топлива.
Херсон, Skoda Octavia