добрый день, уважаемый автовладелец!
Проблем может исходить как и от мотора, который от износа или плохой регулировки передает вибрацию на кузов через разорванные опоры. Может и сама коробка работать под нагрузкой, и из-за износа вибрировать.
Вывешивайте авто на подъемник, включайте передачу, и пробуйте развивать скорость которая создает вибрацию в ходу, и уже по мест все рассматривать и проверять.
Херсон, Skoda Octavia