Если шум пропадает, то это изношен подшипник на первичном валу, нужно снимать КПП и менять его. А масло Вы правильно залили, нужно 2,7 литра. Еще конечно не исключено, что изношены синхронизаторы передач, тогда в любом случае разбирать коробку и проводить дефектовку.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108