Добрый день!
Довольно сложно связать кондиционер и коробку передач, но вывешивайте авто на подъемник или яму, и осмотрите моторный отсек, откуда исходит этот шум.
Если подвесные подушки двигателя, то это вибрация в кузов, если сама КПП тогда уже внутри нее будет этот шум.
Проверьте также сам компрессор кондиционера.
Херсон, Skoda Octavia