Стучать может из-за выработки на шестернях или износа подшипников. Все это обычно происходит от масляного голодания, проверьте уровень масла, в порядке ли он. Но если шестеренки износились, то замена или долив масла уже не поможет. Нужно разбирать МКПП и проводить дефектовку. Еще, как вариант - износились подушки двигателя, проверьте их состояние.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108