Это не маховик, это они гидротрансформатор прикрутили ногами. Может болты длиннее поставили. Они теперь достают до неподвижных поверхностей. В принципе, не страшно, если до дырки не протрет. Не должно, по идее, касание, скорее всего, на доли мм, а толщины стенок много больше. Но зря вы забирали машину с таким звуком. Его не было до ремонта, не должно быть и после.