Добрый день. Стуки при переключении режимов говорят о проскальзывании в системе управления отопителем салона. 
Это может быть как и регулировка заслонок, так и переключатель потока антифриза, который как раз и отвечает за подачу тепла в салон, когда поступает в радиатор отопителя, и через него проходит воздух, нагреваясь и обогревая салон. 
Переключите управление заслонок в положение горячего воздуха. Если воздух идет, но температуры окружающей среды - тогда проблема в управлении крана подачи охлаждающей жидкости. 
Для диагностики и ремонта, нужно добраться до механизма управления и осматривать его.
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia