Добрый день, уважаемый автовладелец!
Как правило, все навесное оборудование, мозги идут с новым мотором.
Касательно креплений, проблем быть не должно, как и с "подгонкой" под коробку, агрегаты по сути одинаковы.
Перепрошивка блоков скорее всего понадобится, это стандартная процедура при таких работах.
Херсон, Skoda Octavia