Здравствуйте. То есть Вы отключаете задний мост(скидываете карданный вал), и вибрация пропадает?
Скорее всего дело в заднем редукторе, или муфте "Халдекс", которая интегрирована в задний мост, и отвечает за распределение крутящего момента между осями. Также возможны проблемы с "угловым редуктором"(модулем передачи мощности) - но все это сложные механизмы, которые требуют тщательной диагностики и обслуживания.
Ошибок по трансмиссии нет? Сейчас лучше подключить сканер, вывесит авто, и в рабочем режиме протестировать саму муфту, ее работоспособность, и в ходу считать характеристики ее работы - после чего станет ясно что не так с автомобилем.
Херсон, Skoda Octavia