Вам необходимо провести нормальную диагностику профессиональным сканером, считать коды ошибок, проверить угол опережения зажигания, процент открытия дроссельной заслонки, длительность впрыска топлива. Кроме того, все же у Вас давление в топливной системе 3,8 большевато, перелив идет, отсюда и провалы, не хватает воздуха для смеси, давление на холостом без нагрузки около должно быть 3 Бар, под нагрузкой около 3.5. Ну и не исключена конечно ошибка в прошивке и потребуется перепрошивка блока.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108