Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Если есть шум в МКПП, который пропадает с нажатием педали сцепления, тогда это проблема подшипников первичного вала коробки.
При прогреве звук может уходить, из-за меньшей вязкости масла, и уменьшении теплового зазора.
Но в любом случае, рано или поздно потребуется ремонт, так как этот звук будет прогрессировать со временем.
Готовьтесь к ремонту.
Херсон, Skoda Octavia