Автомобиль Вы брали с рук, верно я Вас понимаю?
Если при включении напрямую, вилками передачи не включаются, тогда это уже сама коробка, износ шестерен, перекос валов или синхронизаторов.
Только дальнейшая разборка и дефектовка элементов КПП, их замена устранит эту проблему.
Херсон, Skoda Octavia