Здравствуйте!
Скорее всего проблема в подшипниках валов КПП, на первой передаче не шумит из-за малой скорости и плеча силы, а на остальных валы "перекашивает" и из-за возникших зазоров в зацеплении шестерни начинают шуметь. КПП придется снимать и перебирать.
Мытищи, LADA (ВАЗ) 2120