Здравствуйте!
Действительно, в первую очередь под подозрение попадают уплотнители и именно их нижняя часть, которая имеет разрез. В ливень вода как раз может поступать снизу, протекая по периметру двери.
Второй вариант - уплотнитель стекла ("бархотка"), который препятствует попаданию воды вдоль стекла внутрь двери и уже оттуда в салон вдоль обшивки.
Если у вас большой зазор между дверью и кузовом установите второй уплотнитель (на клею)
Мытищи, LADA (ВАЗ) 2120